Уфимское командное речное училище было создано приказом № 89 от 7 августа 1970 года Министерства речного флота Российской Федерации для обеспечения командными кадрами судов Бельского речного пароходства и ЗАО Башволготанкер.
Одним из главных факторов подготовки практико-ориентированных специалистов является широкое внедрение вычислительной техники и средств программирования в учебном процессе. В настоящее время нами активно используются компьютерные тренажеры. При изучении дисциплины «Радиолокационная проводка судов, наблюдение и прокладка» применяется компьютерный тренажер, служащий для отработки практических навыков управления судном в условиях ограниченной видимости и использования радиолокационных станций с целью контроля места положения судна; на уроках английского языка программа «Англомар», которая содержит электронную версию стандартного морского навигационного словаря - разговорника, образцы судовой документации и деловой переписки; на уроке инженерной графики используется чертежно-графический редактор, программа «Компас - график»; для практической подготовки к работе в машинном отделении, используется тренажер машинного отделения и другие программы, которые позволяют обеспечить получен не курсантами необходимых навыков в училище. В соответствии с требованиями международной конвенции по подготовке и дипломированию моряков (ПДНВ-78/95)проводится тренажерное обучение «Глобальная морская система связи при бедствиях».Обеспечить выживание, устойчивое развитие училища, его успешное существование в современных условиях в системе образования можно только благодаря качеству. С 2002 года коллектив училища приступил к внедрению Системы менеджмента качества образовательных услуг по международным стандартам ИСО серии 9000. В основу модели качества училища заложены принципы всеобщего менеджмента качества. Самообследование показало, что образовательный процесс в учебном заведении постоянно совершенствуется, а основные показатели качества подготовки выпускников повышаются. Пополняется материальная база -созданы все условия для успешной учебы и организации досуга курсантов. Спортсмены имеют возможность заниматься не только в спортивном и атлетическом зале, для них открыта водноспортивная база, стадион «Водник», спортивный городок. Для творческих натур имеются художественные кружки - бального танца народного танца, вокальный, драматический кружок, духовой оркестр.
Распоряжением Правительства Российской Федерации №1550 - р от 30 сентября 2005 года Уфимское командное речное училище Реорганизовано в Уфимский филиал Московской Государственной Академии водного транспорта. Теперь это учебное заведение 3-уровневой подготовки, обеспечивающее преемственность начального, среднего и высшего профессионального образования.
Лучшим показателем работы филиала является то, что около 80 %командного состава судов Бельского бассейна - наши воспитанники. За 40 лет существования филиал подготовил более 6 тысяч выпускников. Многие из них стали капитанами современных речных судов, первоклассными специалистами речного и морского транспорта, занимают руководящие должности в ОАО "Башкирского речного пароходства", Бельском районе водных путей и судоходства и других.
В соответствии с распоряжением Федерального агентства морского и речного флота № АД-150-р от 26.05.2011 года филиал переименован в Уфимский филиал Федерального бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования "Московская государственная академия водного транспорта".
